Исследование находит бесклеточное профилирование ДНК как универсальный метод мониторинга ИМВ

        

Используя секвенирование ДНК дробовика, исследователи Корнеллского университета продемонстрировали новый метод мониторинга инфекций мочевых путей (ИМП), который превосходит традиционные методы в предоставлении ценной информации о динамике инфекции, а также биологическом ответе пациента.

. Техника подробно описана в статье «ДНК, свободная от клеток мочевых пузырей, является универсальным аналитом для мониторинга инфекций мочевых путей», опубликованной 20 июня в журнале Nature Communications

ИМП являются одной из наиболее распространенных инфекций у людей и происходят, когда вредные бактерии или вирусы достигают частей мочевой системы, включая почки, мочевой пузырь или уретру.

Исследователи из Cornell Engineering и Weill Cornell Medicine обнаружили, что они могут узнать о бактериальном и вирусном составе мочевого тракта пациента путем выделения бесклеточных ДНК – фрагментов генома мертвых клеток, полученных из человеческих и микробных клеток, – из образец мочи.

. Помимо измерения обилия различных компонентов микробиома, ДНК, свободная от клеток в моче, обеспечивает богатую информацию о бактериальных фенотипах, по словам Iwijn De Vlaminck, профессора биомедицинской инженерии и соавтора исследования.

]

«Мы обнаружили, что мы могли бы вывести долю популяции бактерий, которая растет, тщательно изучая места в геноме, где была получена бесклеточная ДНК», – сказал Де Вламинк, который добавил, что метагеномный анализ бесклеточная ДНК также может быть использована для определения того, какие противомикробные препараты могут наилучшим образом воздействовать на конкретную инфекцию.

Метод мониторинга может быть особенно полезен для реципиентов почки, согласно авторам исследования, в том числе соавтором Джон Ричард Ли, доцент медицины медицины Вайля Корнелла, а также Даршана Дадхания, адъюнкт-профессор медицине у Weill Cornell Medicine и Ларса Вестблада, доцента патологии в медицине Weill Cornell. Половина всех получателей почек будет страдать от бактериального ИМП в течение первых трех лет после трансплантации, поставив этих пациентов под угрозу осложнений, связанных с инфекцией.

«Технология профилирования ДНК без клеток может диагностировать редкие инфекции, которые обычно не скринированы и не имеют возможности для более ранней диагностики и лечения и улучшения результатов в трансплантации почки», – сказал Маниккам Сутантиран, руководитель нефрологии, гипертонии и трансплантации на Weill Cornell Medicine и соавтором исследования.

Время, требуемое для тестирования образцов мочи для бесклеточной ДНК, может быть сопоставимо с традиционными анализами ИМП, по мнению исследователей, и будет иметь преимущества от продолжающихся технических достижений в секвенировании ДНК, что снизит стоимость и увеличит пропускную способность за эти годы до приходят.

      

Source link