Исследователи находят способ идентифицировать недиагностированные генетические заболевания в электронных медицинских документах

        

Пациенты с диагнозом сердечная недостаточность, инсульт, бесплодие и почечная недостаточность могут на самом деле страдать от редких и недиагностированных генетических заболеваний.

И теперь исследователи из Медицинского центра Университета Вандербильта нашли способ поиска генетических данных в электронных медицинских записях, чтобы идентифицировать эти заболевания в больших популяциях, поэтому лечение может быть адаптировано к фактической причине болезни.

Последствия для данных, опубликованных сегодня в журнале Science являются широкими и многочисленными; 14 процентов пациентов с генетическими вариантами, поражающими почку, имели трансплантацию почки и 10 процентов, а другой вариант – для пересадки печени.

Если их генетическая причина была диагностирована, можно было бы избежать этих трансплантатов.

«Мы начали с простой идеи: найдите группу симптомов и заболеваний, чтобы найти недиагностированное основное заболевание», – сказал Джош Денни, доктор медицинских наук, профессор биомедицинской информатики и медицины и директор Центра точной медицины.

«Тогда мы очень волновались, когда увидели, как мы можем систематизировать его через тысячи генетических заболеваний, чтобы выяснить влияние миллионов генетических вариантов», – сказал он.

Новый метод, разработанный Денни, Лизой Бастараш, MS и группой коллаборационистов, создает оценку риска фенотипа, чтобы найти образцы симптомов, которые могут быть вызваны основным генетическим вариантом; включая некоторые генетические варианты, эффекты которых ранее были неизвестны.

Авторы предположили, что многие пациенты, у которых в настоящее время диагностированы такие проблемы, как сердечная недостаточность, инсульт, бесплодие или почечная недостаточность, могут на самом деле страдать от редкой генетической болезни. Если это заболевание может быть идентифицировано, оно может иметь специфическое лечение, предотвращающее повторение или ухудшение симптомов.

Объединив традиционные ресурсы с новыми методами интеллектуального анализа данных, авторы определили оценки до 21 701 человека на основании того, насколько хорошо их список симптомов соответствует клиническому описанию каждого из 1204 различных генетических заболеваний. Полученная оценка риска фенотипа является высокой для людей, которые близки друг к другу и являются низкими для людей, у которых нет ключевых особенностей заболевания.

«Что показывает показатель риска фенотипа, так это то, что, если вы начинаете с определенных комбинаций симптомов, шансы найти потенциально причинный генетический вариант довольно высоки. Это действительно важный шаг к использованию клинического генотипирования для оценки риска пациента и информировать более точную профилактику и лечение общих состояний », – сказал соавтор Дэн Роден, старший вице-президент по персонализированной медицине.

Исследователи обнаружили 18 ассоциаций между генетическими вариантами и высокими показателями риска фенотипа. Некоторые из них хорошо известны генетикам, таким как два варианта, которые вызывают кистозный фиброз, но большинство ассоциаций были для вариантов, которые ранее не были описаны.

Лица для этого исследования открытия были взяты из BioVU, одного из крупнейших хранилищ в своем роде, связывающих образцы ДНК с отобранными электронными медицинскими записями. Затем команда повторила свои результаты на втором биобанке в клинике Маршфилд и подтвердила их с помощью тестов в лабораториях в VUMC и Университете Оклахомы.

Исследование также дает важное представление о характере наследования болезни. До сих пор врачи предполагали, что генетические заболевания, называемые «рецессивные», требуют двух мутаций (по одному от каждого родителя), чтобы стать симптоматическими. Однако исследователи обнаружили, что только один вариант был достаточным для некоторых заболеваний, влияющих на здоровье пациента.

«Ввиду наших находок знакомые медицинские категории, такие как« сложный »и« генетический », или« доминирующий »по сравнению с« рецессивным », начинают больше напоминать континуумы», – сказал Бастараш, ведущий научный сотрудник с Центром точности VUMC Медицина.

По мере того как генетическое тестирование становится более распространенным, возрастает потребность в понимании влияния генетических вариантов. Хорошо понятна лишь часть редких генетических вариантов, найденных у людей. Это исследование показывает, что анализ результатов в электронных медицинских записях может быть полезен при принятии решения о том, может ли вариант быть связан с болезнью.

«Оценка риска фенотипа может быть легко применена в любой электронной медицинской системе записи, которая связана с ДНК», – сказал Бастараш. «В нашей работе рассматривался только небольшой образец генома человека, около 6000 вариантов. Возможность дополнительных открытий с использованием этого метода огромна».

      

Source link