Исследователи разработали метод выявления биомаркеров на основе сплайсинга для рака печени

        

Поскольку рак печени особенно разнообразен, генетически и подвержен рецидиву, определение биомаркеров, которые могут предсказать прогрессирование заболевания, является важной целью в борьбе с ним.

Исследователи из лаборатории Cold Spring Harbor (CSHL) во главе с профессором CSHL Адрианом Крайнером сообщили в исследовании генома, что разработали метод идентификации биомаркеров на основе сплайсинга для наиболее распространенной формы рака печени, гепатоцеллюлярной карциномы (HCC ). Они считают, что этот метод будет полезен и для других типов рака.

«Это исследование подчеркивает потенциал изучения того, как варианты сплайсинга РНК могут способствовать раку, и указывает на эти варианты в качестве потенциальных биомаркеров для прогрессирования рака», – говорит Крайнер

Склеивание относится к процессу, в котором редактируется сообщение РНК, скопированное из информации, закодированной в гене, до того, как оно сможет служить в качестве плана для производства конкретного белка. Ген может приводить к появлению нескольких сообщений РНК, каждый из которых приводит к другому варианту белка или «изоформе». Многие заболевания были связаны с ошибками или вариациями способа сплайсинга РНК. Ошибки или вариации сплайсинга могут приводить к нефункциональным белкам или белкам с различными или аберрантными функциями.

Недавние исследования выявили нарушения сплайсинга в клетках рака печени. Под руководством докторанта CSHL Куан-Тина Лина команда Кринера разработала метод, который всесторонне анализирует все сообщения РНК, сделанные из данного гена. Команда проверила свой метод обнаружения вариантов сращивания в HCC, проанализировав сообщения РНК в клетках HCC, отобранных у сотен пациентов.

Они обнаружили, что конкретные сплайсинговые формы гена AFMID коррелируют с очень низкой выживаемостью пациентов. Эти варианты приводят клетки к производству усеченных версий белка AFMID. Эти необычные версии белка ассоциированы во взрослых раковых клетках печени с мутациями в генах опухолевых супрессоров под названием TP53 и ARID1A.

Эти мутации, по мнению исследователей, связаны с низкими уровнями молекулы, называемой NAD +, которая участвует в восстановлении поврежденной ДНК. Как можно предположить, восстановление отсутствующих частей, называемых экзонами, в обычное РНК-сообщение AFMID, может повысить уровень NAD + до нормального уровня, избегая мутаций в TP53 и ARID1A. Команда надеется использовать небольшие молекулы, называемые ASOs (антисмысловые олигонуклеотиды), которые могут связываться с РНК, чтобы изменить способ соединения RNA-сообщений AFMID. Команда Крайнера ранее использовала эту методику для исправления ошибок в сращивании гена SMN2 в качестве способа лечения атрофии мышц спины (SMA).

Фиксация сплайсинга AFMID может привести к усиленному производству NAD + и увеличению репарации ДНК. «Если мы сможем это сделать, сплайсинг AFMID может стать терапевтической целью и источником нового препарата для лечения рака печени», – говорит Лин. Предварительные эксперименты показывают, что команда находится на правильном пути. Они продемонстрировали, что коаксиальные клетки для чрезмерного экспрессии AFMID, сплайсированного нормальным образом, привели к более высоким уровням НАД + и более медленному росту раковых клеток печени.

      

Source link