Ошибка в наиболее широко используемом методе в эпигенетике может привести к ошибочным результатам

      

        

Ошибка в одном из наиболее широко используемых методов в эпигенетике DIP-seq может привести к ошибочным результатам, показали исследователи из Университета Линчёпинга, Швеция. Это может иметь большое значение в области исследований, где для изучения огромного количества эпигенетических данных используются «большие данные» и современные методы анализа ДНК. Ошибка может быть исправлена ​​в ранее собранных данных DIP-seq, что может привести к новым открытиям предыдущих исследований эпигенетики человека. Результаты опубликованы в журнале Nature Methods .

В принципе, каждая клетка нашего тела имеет одну и ту же последовательность ДНК. Однако разные типы клеток используют очень разные группы генов. Это означает, что необходимы дополнительные сигналы для контроля того, какие гены используются в каждом отдельном типе клеток. Один тип такого сигнала состоит из химических групп, непосредственно присоединенных к последовательности ДНК. Эти химические модификации последовательности ДНК являются частью того, что обычно называют «эпигенетическим кодом». Эпигенетическая регуляция генов играет важную роль в нормальном развитии человека, но также связана со многими заболеваниями, такими как рак.

Исследователи из Университета Линчёпинга обнаружили слабость одного из наиболее часто используемых методов эпигенетических исследований, секвенирования иммунопреципитации ДНК (DIP-seq). Проще говоря, этот метод основан на выделении частей ДНК, несущих определенный эпигенетический сигнал. Для этого исследователи используют различные антитела, которые распознают специфическую химическую структуру и связываются с ней. Затем антитела сортируют и определяют последовательности ДНК, с которыми они связаны. Группа Нестора заметила, что некоторые эпигенетические метки всегда встречались в одном и том же месте, даже в ДНК, которая вообще не должна содержать эти эпигенетические метки.

«Наше открытие подчеркивает важность экспериментальной валидации при использовании высокопроизводительных технологий в исследованиях. Без такой экспериментальной строгости все распространенные ошибки могут скрываться на виду, скрытые их« согласованностью »во всех исследованиях», – говорит Колм Нестор, ассистент кафедры Отдел клинической и экспериментальной медицины и ведущий исследователь исследования.

Анализируя более 125 существующих наборов данных, группа Nestor обнаружила, что DIP-seq обычно обнаруживает последовательности ДНК, у которых нет эпигенетических меток. Эти ложные срабатывания составляют 50-90% обнаруженных участков ДНК, а величина эффекта различается между различными наборами данных. «Теперь, когда мы знаем об этой ошибке, очень просто ее вычесть. Исправление этих ошибок позволит сделать новые открытия из богатства данных эпигенетики уже в общественном достоянии», – говорит Колм Нестор

Исследователи отмечают, что подавляющее большинство результатов предыдущих исследований являются правильными.

«Мы должны продолжать использовать эти методы, но исправить эти ошибки, используя соответствующий экспериментальный проект», – говорит Колм Нестор.

      

  

Source link