Oxford Nanopore выпускает новые наборы кДНК для своей технологии секвенирования

        

Oxford Nanopore выпустила новые «109» наборы кДНК для своей технологии масштабируемого секвенирования в реальном времени. Новые наборы обеспечивают высокую пропускную способность, в то же время генерируя полные последовательности полноразмерных цепей кДНК, с опцией низкого ввода всего 1 нг PolyA + РНК.

Новый метод секвенирования кДНК позволяет пользователям секвенировать целые транскриптомы с высоким охватом в одной проточной ячейке MinION (10-15 миллионов операций чтения x полных транскриптов) со значительно более высокой пропускной способностью в PromethION (более 60 миллионов операций чтения x полных данных). длина транскриптов на ячейку потока), или меньшие, быстрые анализы на Flongle. Это облегчает новые биологические исследования в самых разных областях применения.

Полноразмерные, хорошо охарактеризованные транскрипты кДНК для научных исследований, здравоохранения и промышленности

Новые решения для секвенирования кДНК Oxford Nanopore позволяют исследователям упорядочивать последовательные миллионы целых транскриптов в одном чтении. Это позволяет пользователям одновременно выполнять точную характеристику транскриптома на уровне изоформ и дифференциальное профилирование экспрессии генов без каких-либо компромиссов в отношении стоимости, количественного анализа, вычислительной сложности или сложности рабочего процесса, необходимых для достижения этого на других платформах секвенирования с коротким или длинным чтением.

Более глубокое понимание динамики транскриптома имеет решающее значение для того, чтобы дать возможность исследователям в широком диапазоне областей понять, как интерпретируется «код» стабильной ДНК организма в данный момент времени. В здравоохранении идентификация дифференциально сплайсированных изоформ и транскриптов слияния может помочь в диагностике и лечении заболевания. Секвенирование РНК также обеспечивает быстрый и эффективный метод идентификации вирусов, а также находит применение в науке об окружающей среде и сельском хозяйстве.

Джонатан Геке из Сингапурского института генома сказал:

«Мы работаем над идентификацией альтернативных изоформ генов и генов слияния при раке, и возможность генерировать считывания, которые охватывают всю РНК, может иметь большое значение. С помощью наборов для секвенирования кДНК с длительным считыванием нанопор мы получаем очень много более подробное представление о том, какие стенограммы генерируются. "

Энтони Байега из Университета Макгилла сказал:

«Наборы для секвенирования кДНК Nanopore предоставили нам быстрые рабочие процессы, количественные расшифровки стенограммы во всю длину и упростили наш анализ данных, поскольку сложные статистические соображения, которые необходимо принять для кратко читаемых данных, где разрешение во всю длину гены трудно определить, они не нужны. "

в связи с использованием им набора ПЦР-кДНК для изучения транскриптома развивающегося эмбриона мухи оливы.

Варианты прямой кДНК и ПЦР-кДНК

Доступны два новых набора: наборы для секвенирования прямой кДНК (SQK-DCS109) и ПЦР-кДНК (SQK-PCS109). В сочетании с обновлением платформ для секвенирования Oxford Nanopore и программного обеспечения, секвенирование кДНК nanopore обеспечивает эффективное обогащение для полноразмерных транскриптов (ПЦР-кДНК). В случае набора прямой кДНК ПЦР не требуется – устранение смещения, в то время как набор кДНК-ПЦР обеспечивает высокую пропускную способность при низком входе РНК (всего 1 нг PolyA + РНК) и обеспечивает возможность запуска с общей РНК. Наборы, для которых требуется время подготовки образца менее 5 часов, при этом практически не требуется практического времени, теперь можно купить в магазине Oxford Nanopore.

Новые наборы кДНК доступны для использования на всех устройствах Oxford Nanopore, от карманного MinION до настольного GridION и высокопроизводительного PromethION. Это позволяет пользователям любого масштаба генерировать очень высокие выходы транскриптомных данных для обнаружения новых изоформ с высоким разрешением, идентификации транскриптов с низким числом копий и секвенирования de novo целых транскриптомов с высоким охватом. Небольшие быстрые устройства, такие как Flongle, также идеально подходят для целевого секвенирования кДНК конкретных транскриптов.

В дополнение к секвенированию кДНК Oxford Nanopore также предлагает уникальные наборы для прямого анализа РНК, позволяющие пользователям секвенировать РНК без необходимости превращения в кДНК.

Источник:

https://nanoporetech.com/about-us/news/rna-sequencing-transformed-oxford-nanopore-introduces-new-cdna-sequencing-kits

      

Source link