Исследователи из университетских больниц Цюриха и Базеля, ETH Zurich, Цюрихского университета и фармацевтической компании Roche поставили перед собой задачу улучшить диагностику рака, разработав платформу современных методов молекулярной биологии.

Целью проекта «Профилировщик опухолей» является получение всеобъемлющего молекулярного профиля опухолей у онкологических больных, который может прогнозировать эффективность множества новых противораковых препаратов. Таким образом, это позволит предлагать лечащим врачам индивидуальные и улучшенные терапевтические рекомендации.

Три года назад исследователи начали крупномасштабное клиническое исследование с участием 240 пациентов, страдающих метастатическим раком кожи (меланомой), метастатическим раком яичников или острым миелоидным лейкозом. Тщательное исследование опухолей этих пациентов дает исследователям полное представление о клеточном составе и биологии каждой опухоли. Исследователи недавно опубликовали детали своего исследования в статье в журнале Cancer Cell

Исследование на уровне отдельной клетки

Новым в исследовании «Профилировщик опухолей» является то, что в нем используется набор передовых методов тестирования опухолей, чтобы получить новое понимание, исследуя, как их можно объединить клинически значимым образом.

Исследование выходит далеко за рамки текущего использования методов молекулярной биологии, практикуемых в ведущих больницах. «Мы объединили все передовые технологии, доступные в ETH Zurich и партнерах по проекту. Работая с врачами из Цюриха и Базеля, мы разработали прогресс в онкологии, который обслуживает пациентов», – говорит Митч Левеск, профессор в Университетской клинике Цюриха и одним из авторов статьи.

В объем тестирования входят ДНК, РНК и белки раковых клеток. Данные на уровне отдельных клеток дают исследователям понимание клеточного разнообразия каждой опухоли, которое включает не только раковые, но и иммунные клетки. «Мы исследуем всю опухоль и ее микросреду», – говорит Андреас Викки, старший врач Университетской клиники Цюриха. Часть анализа также включает функциональные тесты, в которых биопсии опухоли обрабатываются лекарствами в лаборатории, чтобы увидеть, работают ли лекарства. Также учитывается информация из медицинских изображений и другие данные пациентов.

Информирование о решениях о лечении

В итоге мы получаем огромные объемы данных по каждому пациенту, которые мы готовим и анализируем с использованием методов науки о данных ».

Гуннар Рэтч, автор исследования, профессор, ETH Zurich

Результаты профилирования опухолей затем предоставляются лечащим врачам, которые обсуждают их на заседаниях междисциплинарного совета по опухолям. Поскольку в науке подробные молекулярные тесты обозначаются терминами с суффиксом -omics (геномика, транскриптомика, протеомика), этот подход, охватывающий очень многие «области омики», называется мультиомическим подходом.

«Мы хотим, чтобы исследование Tumor Profiler показало, что широкое использование передовых методов профилирования в онкологии не только возможно, но и дает определенные клинические преимущества», – говорит Виола Хайнцельманн, руководитель отделения гинекологической онкологии университетской больницы Базеля и старший автор исследования. Вот почему исследование также фокусируется на том, могли ли молекулярные анализы повлиять на решения врачей о лечении, и каким образом.

В долгосрочной перспективе подход Tumor Profiler направлен на расширение возможностей лечения пациентов с точки зрения персонализированной медицины. Это включает рассмотрение вопроса о том, могут ли определенные пациенты получить пользу от лекарств, которые не относятся к стандартному диапазону онкологических методов лечения, но одобрены для лечения других типов рака.

Сбор данных для исследования Tumor Profiler закончится через два месяца, после чего исследовательская группа проанализирует данные и представит результаты.