Отзыв Эмили Хендерсон, бакалавр наук 27 марта 2020 года

Исследователи из Центра геномного регулирования (CRG) запустили новую базу данных для продвижения международных исследовательских работ по изучению COVID-19.

Общедоступный бесплатный ресурс (https: / / covid. crg. eu) может быть использован исследователями со всего мира для изучения того, насколько разные вариации вируса растут, мутируют и производят белки.

«Ученые работают круглосуточно, чтобы понять SARS-CoV-2, вирус, вызывающий COVID-19, чтобы мы могли найти его слабые места и победить его. Огромное количество научных данных публикуется по всему миру, "говорит Ева Новоа, исследователь из CRG в Барселоне.

«Однако некоторые технологии, которые мы используем для изучения SARS-CoV-2, такие как секвенирование РНК из нанопор, настолько новы, что результаты одной статьи не сопоставимы с другой из-за множества различных стандартов и методологий. Мы собираем все эти данные и анализируем их так, чтобы они соответствовали более универсально сопоставимому стандарту. Это поможет исследователям быстрее и точнее определить сильные и слабые стороны коронавируса. "

Чтобы понять, как коронавирус растет, мутирует и размножается, ученые должны упорядочить РНК COVID-19. Последовательность РНК раскрывает важную информацию о белках, которые вирус производит для проникновения в человеческие клетки и размножается, что, в свою очередь, информирует правительства об инфекционности и тяжести пандемии.

Для получения традиционных инструментов секвенирования может потребоваться много времени. В последние годы данные о секвенировании в реальном времени стали реальностью благодаря использованию технологий секвенирования нанопор, революционному исследованию геномики и мониторингу вспышек заболеваний. Секвенирование нанопор обеспечивает ученым и клиницистам немедленный доступ к информации о последовательности ДНК и РНК любой живой клетки в режиме реального времени, что позволяет быстро реагировать на угрозу пандемии.

Однако необработанные данные, полученные в результате секвенирования нанопор, являются очень сложными. Ученым и клиницистам в настоящее время не хватает систематических руководств для воспроизводимого анализа данных, что ограничивает огромный потенциал зарождающейся технологии.

Для стандартизации анализа общедоступных данных о секвенировании нанопор SARS-CoV-2 исследователи из Центра геномной регуляции (CRG) в Барселоне используют MasterOfPores, компьютерную программу, разработанную группой Eva Novoa и подразделением биоинформатики CRG. Программное обеспечение было впервые описано на прошлой неделе в Frontiers in Genetics .

Интернет и растущая культура открытой науки, обмена данными и препринтов изменили ландшафт исследований. Инфраструктура, для создания которой понадобилось бы несколько месяцев для исследования появляющегося вируса, теперь может быть создана за несколько дней благодаря новым научным вычислительным подходам ».

Юлия Пономаренко, руководитель отдела биоинформатики в CRG

MasterOfPores может быть запущен на любой Unix-совместимой ОС на компьютере, кластере или в облаке без необходимости установки какого-либо дополнительного программного обеспечения или зависимостей и свободно доступен в Github. Публично доступный бесплатный ресурс в настоящее время проанализировал 3 ТБ данных секвенирования РНК SARS-CoV-2. Исследователи CRG продолжат обновлять ресурс новыми данными, как только он станет доступным.