Отзыв Эмили Хендерсон, бакалавр наук 23 марта 2020 года

Это может быть будущее диагностических тестов для распространенных инфекций, и может оказаться важным инструментом для понимания и борьбы с новыми вирусами. Генетическое секвенирование следующего поколения – или секвенирование следующего поколения (NGS) – становится все более распространенным в исследованиях, хотя все еще не широко доступно. В Медицинском факультете UNC это является частью исследовательского сотрудничества для лучшего понимания вирусных инфекций легких, в том числе COVID-19 – нового коронавируса, охватившего мир.

Мы можем использовать NGS, который обнаруживает все вирусы в данном образце от пациента, чтобы убедиться, что наши текущие тесты работают правильно для идентификации вируса COVID-19. "

Дирк Диттмер, доктор философии, директор Центра вирусной геномики UNC и член Универсального онкологического центра Lineberger

NGS идентифицирует не только все вирусы, присутствующие в образце, но и последовательности или декодирует ДНК вирусов. Возможность просеять геномный код вируса позволяет понять, сколько ему лет, откуда он взялся и мутирует ли он.

«Это похоже на снятие отпечатков пальцев с вируса», – сказал Дитмер. «Это позволяет нам исследовать образец и более глубоко взглянуть на то, что мы находим. Это может помочь нам многому научиться, в том числе, почему некоторые люди заболевают вирусом, а другие нет».

Стандартное диагностическое тестирование, используемое для быстрого обнаружения гриппа или респираторных инфекций, ищет только ограниченное количество предопределенных вирусов и не предоставляет информацию помимо положительного или отрицательного результата. То же самое касается тестирования, разработанного для диагностики COVID-19. Тест, разработанный исследователями UNC, ищет одну часть генной последовательности вируса, которая вызывает новый коронавирус.

«Поскольку мы рассматриваем только одну последовательность гена для вируса, мы должны постоянно отслеживать изменения в этой последовательности гена, чтобы быть уверенными в том, что наш тест все еще надежен», – сказала Мелисса Миллер, доктор философии, директор UNC Медицинский центр микробиологии и лаборатории молекулярной микробиологии. «NGS поможет нам в этом».

Миллер и Дитмер сотрудничают, чтобы тесты COVID-19 были максимально точными. После того, как UNC прошел процесс подтверждения FDA для их тестирования – получение первых пяти положительных и первых пяти отрицательных результатов, подтвержденных лабораторией общественного здравоохранения Северной Каролины – первые положительные 100 образцов будут отправлены в лабораторию Диттмера для дальнейших исследований последовательности

«Это, безусловно, помогает общему знанию о болезни COVID-19 и сопутствующих инфекциях других вирусов», – сказал Миллер.

Дитмер и Уильям А. Фишер, доктор медицинских наук, профессор кафедры болезней легких и интенсивной терапии, являются соответствующими авторами исследования, опубликованного в этом месяце в журнале Гриппа и других респираторных вирусов . Ведущий автор исследования – Субхашини А. Селлерс, доктор медицинских наук, доцент кафедры болезней легких и интенсивной терапии. Целью исследования было выявление бремени респираторных заболеваний у людей, живущих с ВИЧ. Чтобы удостовериться, что все вирусы и бактерии были учтены в образцах, Дитмер и его коллеги сравнили чувствительность NGS к стандартному диагностическому тестированию на вирусы короны, вирусы гриппа и другие инфекции у людей, живущих с ВИЧ, у которых были респираторные симптомы.

«Мы использовали NGS, потому что есть опасения, что люди с ВИЧ восприимчивы к вирусам, которые обычно не присутствуют на панели патогенных микроорганизмов, используемых в стандартном тестировании медицинской помощи», – сказал Селлерс. «В нашем стандартном тестировании мы обнаружили штамм риновируса, но когда он был генетически секвенирован, мы увидели, что он более уникален, чем обычные штаммы, которые мы видим. NGS может помочь нам отследить такого рода информацию, которая важна для быстрого обнаружения и отслеживания новых инфекции и общественные вспышки. "

«Когда дело доходит до новых вирусов, вы можете определить генетическую последовательность вируса и сравнить ее с базой данных всех известных вирусов», – сказал Диттмер. «Используя генетическое секвенирование, исследователи ранее обнаружили, что ближайшим« родственником »COVID-19 был коронавирус, обнаруженный у летучих мышей».

Диттмер работает над клиническим испытанием с использованием NGS, чтобы гарантировать точность теста COVID-19 в более широком масштабе. Тем временем его лаборатория продолжит сотрудничество с доктором Миллером.

Диттмер сказал: «Это пример того, как отличная исследовательская среда в ЗВОЛ ООН позволяет нашему сообществу объединиться и внести вклад в более широкие усилия общественного здравоохранения».