Longas предлагает технологию Morphoseq для высокоточного секвенирования длинного чтения на платформах NGS с коротким чтением

        

Longas Technologies Pty Ltd («Longas»), разработчик технологий секвенирования следующего поколения (NGS), предоставила подробную информацию о подготовке библиотеки Morphoseq и связанной технологии программного обеспечения на секвенировании Совещание «Завершение и анализ в будущем» 21–23 мая, Санта-Фе, Нью-Мексико, США, которое обеспечивает возможность последовательного считывания на платформах NGS с кратким считыванием.

Разработанная за последние несколько лет командой, возглавляемой ведущим мировым вычислительным биологом и соучредителем Longas и профессором CSO Аароном Дарлингом, Morphoseq – это прорывная технология, предназначенная для существенного улучшения производительности чтения на длинных платформах NGS промышленного стандарта, для повышения точности и эффективности затрат.

В презентации, озаглавленной «Представление Morphoseq: высокоточные длинные чтения с платформ короткого чтения » 21 мая, 4:30 MDT (22 мая, 8:30 утра, Сидней), профессор Аарон Дарлинг представил обзор технологии и ее разработка, вместе с результатами использования технологии на платформах Illumina и BGI.

Основатели Longas из этого института в Технологическом университете Сиднея (UTS) исследовали новые способы создания длинных последовательных чтений. Первоначально, руководствуясь необходимостью лучшего разрешения на основе последовательностей 16S рДНК для профилирования сообществ микроорганизмов, команда быстро осознала гораздо более широкую применимость своего изобретения для увеличения эффективной длины считывания с установленных платформ NGS.

Результаты, представленные на совещании, демонстрируют длинные чтения до 15 кбит / с с модальной точностью 100% и 92% операций чтения> Q40 при сравнении с независимыми эталонными геномами. Эти результаты для набора из 60 мультиплексированных бактериальных изолятов показывают, что охват геномов очень однороден с данными, дающими готовые сборки с замкнутым кругом для бактериальных геномов во всем диапазоне содержания GC.

Химия Morphoseq работает, создавая уникальные идентификаторы для каждой длинной молекулы ДНК-матрицы в образце посредством очень однородного случайного мутагенеза. Последовательности быстрого считывания затем могут быть назначены длинным шаблонам, при этом сложные алгоритмы обработки данных восстанавливают исходные немутантные длинные молекулы шаблонов. Таким образом, он преобразует секвенсоры с коротким чтением в «виртуальные длинночитанные» секвенсоры, обеспечивая высокую точность сборки сборок генома, включая разрешение трудносборных областей генома.

Morphoseq работает всего с 10 нг ДНК и обладает возможностью масштабирования до больших геномов и больших партий образцов.

Профессор ОГО Аарон Дарлинг сказал:

Morphoseq делает высококачественное секвенирование ДНК с длинным считыванием доступным и экономически эффективным. Он обеспечивает высокую точность длинных последовательностей ДНК за часть стоимости существующих платформ длинного чтения. Обладая скромными требованиями к вводу ДНК и стандартным коротко читаемым секвенатором ДНК, Morphoseq может производить законченные de novo сборки генома, в том числе через повторяющиеся области в геномах, такие как тандемные повторы и транспонируемые элементы. Приготовление образца может быть выполнено с использованием стандартных расходных материалов и оборудования для молекулярной биологии, и наш конвейер сквозного анализа на основе облачных вычислений возвращает лучшее в своем классе длинное считывание одним нажатием кнопки ».

Дальнейшие исследования продемонстрировали способность точно собирать и разделять эти считывания ДНК на отдельные хромосомы человека, а также микроорганизмов, с важными научными, клиническими и общественными применениями.

Недавно запустив, после разработки технологии в невидимом режиме в течение последних нескольких лет, Longas ищет партнеров и сотрудников для поддержки коммерциализации.

Ник МакКук, известный лидер NGS, возглавляет компанию в качестве генерального директора. Компания располагает обширным портфелем международных заявок на патенты, охватывающих технологию Morphoseq.

      

Source link