Нарушение технологии анализа ChIP с помощью новых достижений

Нарушение технологии анализа ChIP с помощью новых достижений
        

Интервью с доктором Линдсей Паркс, старшим научным сотрудником Porvair Sciences

В последнее десятилетие было много улучшений в анализе ChIP, пожалуйста, дайте обзор технологии Chromatrap Chip Assay и какие улучшения были сделаны?

Технология Chromatrap ChIP – это метод без использования бусинок. Потенциал технологии проявился в наших возможностях в производстве пористых пластиковых фильтров для фильтрации и разделения биологических материалов. Функционализируя фильтр с улавливающими белками (например, Pro-A, Pro-G), мы определили новый новый способ выполнения ChIP, который исключает использование шариков, поэтому преодолевает общие проблемы, связанные с этими традиционными анализами ChIP.

Chromatrap продолжает совершенствовать наши технологии и продукты в соответствии с потребностями клиентов и изменениями на рынке. Недавно мы внесли улучшения в чувствительность анализа ChIP. Наши уникально ориентированные белки гарантируют, что каждый связывающий карман доступен для комплексов антитело-хроматин, таким образом, максимизируя эффективность захвата. В связи с тем, что исследователи ищут более чувствительные анализы, мы подталкиваем разработку наших наборов, чтобы они не только были лучшими в использовании, но и обеспечивали наивысшую чувствительность для широкого круга биологических образцов.

Как это соотносится с другими стандартными технологиями анализа ChIP?

В отличие от стандартных анализов ChIP на основе шариков, Chromatrap использует уникальную систему на основе фильтров для захвата и селективного обогащения связанных с ДНК связывающих белков. Исключив шарики (магнитные и агарозные) из нашей технологии ChIP, мы смогли разработать анализ ChIP, который намного проще, быстрее, надежнее и, что важнее, более чувствителен, чем стандартные анализы ChIP.

Нарушение технологии анализа ChIP с помощью новых достижений

Почему важно использовать твердотельный анализ ЧИП, а не систему на основе бус? Каковы преимущества и ограничения?

Когда дело касается анализа ЧИП, чувствительность является ключевым фактором. Chromatrap использует наш запатентованный инертный пористый пластик Vyon. Это значительно снижает фоновый шум, часто обнаруживаемый в результатах анализов ChIP с использованием магнитных или агарозных шариков, которые по своей природе могут притягивать неспецифическое связывание и способствовать более высокому фону и маскировке результатов.

От экстракции хроматина до элюирования готовой к секвенированию ДНК, ChIP-анализ на шариках может занять до 5 дней. Это можно сделать всего за 5 часов, используя систему Chromatrap с оптимально ориентированными белками и улучшенным молекулярным смешиванием.

Нарушение технологии анализа ChIP с помощью новых достижений

С помощью Chromatrap все стадии выполняются центрифугированием. Это преодолевает проблемы с несколькими этапами пипетирования и потерей образца, сохраняя связанные комплексы на фильтре до элюирования. Это не только ускоряет рабочий процесс, но и пользователи Chromatrap извлекают выгоду из его простоты использования.

Как и в случае любого коммерческого набора для анализа, может потребоваться оптимизация пользователя. Наша специальная команда технической поддержки всегда под рукой, чтобы предоставить руководство и совет. Chromatrap предоставляет все необходимые реагенты от экстракции хроматина до IP и очистки ДНК.

Какого размера образцы могут быть использованы в анализах Chromatrap ChIP? Каковы применения этих размеров анализа?

Хроматрап был разработан для создания надежного и высокочувствительного набора, совместимого с широким спектром образцов. ЧИП может быть получен из 1000 клеток или 50 нг ткани. Гибкость системы означает, что на анализ может быть использовано до 50 мкг хроматина.

Хроматрап обладает самым широким динамическим диапазоном среди всех доступных анализов ChIP, что означает, что его можно использовать для любого применения, от ценных клинических образцов до обильных клеточных линий. В таких случаях, как клинические лаборатории, исследователи могут иметь доступ только к ограниченным образцам пациентов, и поэтому им требуется высокочувствительный набор.

Последовательная ПЦР и секвенирование следующего поколения являются общими последующими шагами для обогащенного хроматина, какие преимущества дает анализ ChIP Chromatrap по сравнению с другими обычно используемыми методами?

Чувствительность анализа Chromatrap ChIP позволяет обнаруживать генные мишени в КПЦР из самого низкого количества исходного материала. Максимальный захват целевых комплексов антитело-ДНК на колонках Chromatrap и отсутствие потери образца позволяет амплифицировать даже мишени с низким содержанием, которые могут быть необнаружимы в системах на основе бус.

Используя систему Chromatrap, комплексные данные секвенирования могут быть получены из ChIP-seq значительно меньших количеств исходного материала. Высокий выход ДНК из Chromatrap ChIP позволяет секвенировать NGS с одного IP всего от 1000 клеток без необходимости объединения образцов. Более высокая входная ДНК улучшает сложность библиотеки NGS.

Как автоматизация протоколов анализа ChIP может улучшить качество, сложность и точность исследований?

Автоматизация ChIP с использованием технологии, подобной Chromatrap, позволяет быстро получать точные сложные данные без риска пипетирования или обработки ошибок. С помощью этого формата исследователи могут исследовать несколько антител и генов-мишеней параллельно.

Технология Chromatrap идеально подходит для высокопроизводительных анализов. 96-луночные планшеты Chromatrap содержат функционализированный белок Protein-A или Protein-G в каждой из 96 лунок. Как и наши стандартные наборы колонок, 96-луночные высокопроизводительные продукты содержат все буферы и реагенты, необходимые для начала и завершения анализа. Точная последовательность от скважины к скважине позволяет получать точные воспроизводимые и воспроизводимые результаты в каждом анализе.

Система Chromatrap® 96 HT также может быть настроена для автоматической обработки жидкости, обеспечивая еще более быстрый и более эффективный метод для проведения анализа ЧИП. Большие надежные наборы данных могут быть эффективно собраны, что позволяет изучать широко распространенные эффекты для нескольких образцов и нескольких типов ячеек; все выполняется одновременно.

Какое влияние может оказать усовершенствованная технология анализа ChIP на важные области исследований, такие как рак и эпигенетические исследования?

Эпигенетика является важной областью исследований в области здравоохранения. Модификации, которые не вызывают изменения в основной последовательности ДНК, представляют особый интерес при патологиях, таких как рак, из-за их обратимой природы. ChIP является наиболее мощным инструментом для понимания взаимодействия гистонов и факторов транскрипции с ДНК-мишенью, которые запрещают ключевые сигнальные реакции. Эпигенетические препараты, такие как ингибиторы HDAC, становятся все более популярными при лечении раковых заболеваний, и их эффекты часто проверяются на ЧИП.

Наличие наиболее чувствительной информации о воздействии этих препаратов как на цель, так и вне ее может помочь только улучшить результаты в отношении здоровья в долгосрочной перспективе. Более быстрые, более чувствительные и воспроизводимые анализы на ЧИП позволяют более эффективно проводить исследования механизмов, лежащих в основе заболеваний, и тестировать способы их лечения.

Каково будущее технологии анализа ChIP и Chromatrap?

Постепенное улучшение анализа и рабочего процесса. Совместимость анализа с последующими приложениями. Chromatrap – адаптация уникальной технологии и ее преимуществ для других или последующих прикладных наук о жизни.

С ростом внимания к эпигенетическим факторам в исследованиях и лечении здоровья популярность ЧИП будет продолжать расти. Технологии неизбежно должны будут повысить чувствительность, эффективность и пропускную способность, чтобы ускорить это исследование. Chromatrap сохранит свои позиции на переднем крае технологии ChIP, одновременно разрабатывая нашу систему, чтобы всегда обеспечивать более эффективные, чувствительные и простые анализы ChIP для хроматина из самых разных источников. Мы продолжим адаптировать технологию, уже совместимую с широким спектром процессов нижнего уровня, к новым аналитическим методам.

Успех Chromatrap в ChIP и уникальные преимущества, которые он предоставляет по сравнению с анализами на основе шариков, представляют захватывающие возможности для технологии в широком диапазоне применений. Наша команда адаптирует новую твердотельную платформу для устоявшихся и появляющихся методов эпигенетического и биологического обогащения, чтобы больше исследователей могли извлечь выгоду из ее многочисленных преимуществ и сосредоточиться на более важных вопросах в своих исследованиях.

Где читатели могут найти дополнительную информацию? Нарушение технологии анализа ChIP с помощью новых достижений

Посетите www.chromatrap.com, чтобы узнать больше о Chromatrap, последних публикациях, примечаниях по применению и информации о продукте.

О докторе Линдси Паркс

Д-р. Линдсей Паркс – ведущий ученый в области исследований новых и существующих технологий в Porvair Sciences. Ее основной задачей является превращение уникальных материалов, производимых в Porvair Sciences, в инновационные продукты и приложения для наук о жизни и медицинских исследований.

Начав свою карьеру в качестве бактериального генетика в Университете Суонси, Линдсей получила докторскую степень в области молекулярной биологии и генетики. Чтобы проследить ее интерес к молекулярной биологии в академических исследованиях, Линдсей продолжала с постдокторской ролью в тестировании эффективности ключевых противомикробных препаратов. Во время своих исследований доктор Паркс стала участником совместного академического проекта с Porvair по исследованию и разработке продуктов Chromatrap.

Работа с Porvair Sciences предоставила доктору Линдси Паркс прекрасную возможность начать сложную и увлекательную карьеру, сочетая ее страсть к исследованиям и интерес к разработке продуктов.

        
      

Source link