24 июня 2021 года

Сегодня был выпущен новый инструмент, помогающий сохранить одно из наиболее уязвимых млекопитающих Великобритании, с публикацией первого высококачественного эталонного генома европейской водяной полевки. Геном был создан учеными из Института Уэллком Сэнгер в сотрудничестве с благотворительной организацией по охране животных Wildwood Trust в рамках проекта «Древо жизни Дарвина»

.

Геном, опубликованный сегодня (24 июня 2021 г.) посредством Wellcome Open Research открыто доступен в качестве справочного материала для исследователей, стремящихся оценить генетику популяции водяных полевок, лучше понять, как эволюционировал вид, и управлять усилия по реинтродукции.

Европейская водяная полевка ( Arvicola amphibius ) – небольшое полуводное млекопитающее, обитающее на берегах пресноводных местообитаний и в водно-болотных угодьях. Вид произрастает в Европе, Западной Азии, России и Казахстане. В то время как природоохранный статус водяной полевки вызывает «наименьшее беспокойство» во всем мире, популяции в Соединенном Королевстве сократились до такой степени, что этот вид считается находящимся под угрозой исчезновения в национальном масштабе. Утрата среды обитания и хищничество американской норки, инвазивного чужеродного вида, привели к сокращению популяции Великобритании с 7,3 миллиона в 1990 году до примерно 132 000 в 2018 году.

Водяные полевки получили полную юридическую защиту в Великобритании в 2008 году. В Великобритании был реализован ряд природоохранных проектов, направленных на поддержку популяций водных полевок, включая усилия по восстановлению среды обитания и контролю над популяцией американской норки. Также предпринимаются усилия по возвращению водяной полевки в ряд восстановленных городских и диких местообитаний, а также по смягчению воздействия новой застройки.

Европейские водяные полевки вернулись в Великобританию из незамерзающих убежищ в Иберии и Восточной Европе после последнего ледникового периода, причем эти две клады внесли свой вклад в генетическое разнообразие британских популяций. Это разнообразие может проявляться в определенных чертах, таких как черный мех шотландских водяных полевок, который отличается от тех, которые в Англии имеют тенденцию к коричневому меху. Но все богатство генетического разнообразия нельзя оценить только по внешнему виду. Также неизвестно, сколько разнообразия было потеряно в результате недавнего спада населения.

Хейзел Райан, старший специалист по охране природы в Wildwood Trust, сказала: «Водяные полевки – удивительные животные, и мы не до конца понимаем, что экосистемы теряют без них. Они трудолюбивые хозяева среды обитания, почти как миниатюрные бобры в том, как они врубают стебли, роют норы и изменяют ландшафт. Мы подозреваем, что некоторые популяции водных полевок в последние десятилетия стали инбредными из-за сокращения численности и фрагментации популяций из-за потери среды обитания. Эталонный геном предлагает нам способ лучше понять генетическое разнообразие для реинтродукции и рассмотреть возможность смешивания особей, чтобы у популяций были лучшие шансы на процветание »

Для секвенирования эталонного генома европейской водяной полевки был взят образец крови у живого самца A. amphibius особь, которая была частью популяции, разводимой в неволе Wildwood Trust в Кенте, Великобритания. ДНК была извлечена из этого образца и секвенирована учеными Института Тихоокеанских биологических наук Уэллком Сэнгер инструментами SEQUEL I и Illumina HiSeq X.

Понимание генетического разнообразия и структуры популяций водных полевок является важным аспектом их сохранения в Великобритании и центральным элементом международных руководящих принципов по перемещению дикой природы в целях управления их сохранением. Обнародование генома водяной полевки предоставляет полный набор генетических инструментов для поддержки будущей устойчивости вида в Великобритании »

Роб Огден, профессор и директор по охране природы, Эдинбургский университет

Геном водяных полевок опубликован в рамках Дарвиновского проекта «Древо жизни», в рамках которого партнерские организации будут упорядочивать и собирать геномы 70 000 видов животных, растений, грибов и простейших по всей Великобритании и Ирландии.

Профессор Марк Блэкстер, руководитель программы проекта «Дарвиновское древо жизни» в Институте Уэллком Сэнгер, сказал: «Европейская водяная полевка является ярким примером британского вида, генетическое разнообразие которого мы рискуем потерять раньше, чем мы». у меня была возможность полностью это записать. Этот высококачественный эталонный геном Arvicola amphibius позволит нам сделать это, а также поддержать текущие усилия по сохранению существующих популяций и реинтродукции новых таким образом, чтобы эти популяции были генетически устойчивыми »