Исследователи из Karolinska Institutet представляют общедоступный ресурс, который может ускорить использование так называемых методов FISH для изучения пространственной организации генома в ядре клетки. Новая платформа, которая позволяет проводить более рентабельные анализы для исследовательских и диагностических лабораторий, описана в научном журнале Nature Communications .

Флуоресцентная гибридизация ДНК (FISH) – это мощный метод, созданный в 1980-х годах, который использует флуоресцентные зонды для визуализации определенных локусов ДНК или целых хромосом под микроскопом. В последние три десятилетия ДНК FISH широко использовалась как в исследованиях, так и в диагностике.

Однако, использование было ограничено из-за сложной конструкции и создания большого количества различных зондов (последовательностей комплементарной ДНК, конъюгированных с флуоресцентными красителями). Создание зондов, нацеленных на несколько интересующих геномных локусов, было сложным для большинства лабораторий, в то время как коммерчески доступные зонды обычно ограничены несколькими локусами и очень дороги.

Чтобы решить эту проблему, исследователи из Karolinska Institutet и SciLifeLab создали платформу под названием iFISH, которая позволяет генерировать сотни ДНК-зондов FISH параллельно, простым и экономически эффективным способом.

Постоянно расширяющийся репозиторий

Используя iFISH, они создали большой репозиторий из более чем 400 зондов, нацеленных на все человеческие аутосомы и хромосому X, который в настоящее время постоянно расширяется. В дополнение к зондам, исследователи также создали базу данных оптимально спроектированных коротких последовательностей и набор инструментов для разработки зондов ДНК FISH, к которым можно получить свободный доступ.

«Это своевременный ресурс, который позволит многим группам в области архитектуры трехмерного генома иметь быстрый доступ к ДНК-зондам FISH практически для любого локуса в геноме человека и свободно использовать наши современные инструменты для проектирование зондов », – говорит Магда Биенко, один из двух главных исследователей, которые возглавляли исследование и старший автор статьи.

Хранилище не будет ограничиваться зондами ДНК FISH, но теперь расширяется и включает зонды для зондов РНК FISH.

«Мы стремимся к расширению и созданию хранилища зондов, нацеленных на каждый ген в геномах человека и мыши. Это будет ценным ресурсом для постоянно растущего сообщества исследователей, которые используют РНК FISH с одной молекулой в качестве сопутствующий анализ для одноклеточной РНК-сек или пространственной транскриптомики », – говорит Никола Крозетто, другой ИП, участвующий в исследовании.

Наука с открытым исходным кодом

«Мы считаем, что это отличный пример науки с открытым исходным кодом, которая будет способствовать использованию технологий FISH не только в научных исследованиях, но и, возможно, также в диагностических лабораториях, особенно в неблагополучных странах, где коммерческие зонды FISH очень трудно получить, "заключает Магда Биенко.