Ученые CSHL составляют рейтинг генетических «обычных подозреваемых»

        

Не секрет, что наши гены – это то, что делает нас … нас! Но гены часто также являются основой для изнурительных заболеваний. Один из главных ключей к пониманию любой болезни – увидеть, какие гены действуют необычно во время начала болезни. Но не всегда ясно, является ли необычная активность генов уникальной для данной болезни или является просто более общим симптомом нездорового организма. Теперь ученые из лаборатории Колд-Спринг-Харбор (CSHL) составили рейтинг обычных подозреваемых, которые могут оказаться неоценимыми для исследователей и врачей.

«Представьте себе экстрасенса», подсказывает вычислительный биолог CSHL Джесси Джиллис, который работал над исследованием. «Когда они делают« холодное чтение »для аудитории, они говорят:« здесь кто-то имеет имя Дейв или Дэвид »и т. Д., Верно? Они делают предположения, которые очень вероятны».

В этот момент зрители не задумываются о популярности имени Дэвид, что делает его восхитительным, что наблюдатель Дейв был выделен.

Гиллис и постдокторский исследователь Мэгги Кроу заметили, что ловушка в таком мышлении может быть проблематичной для исследований, сравнивающих активность генов здоровых клеток с активностью клеток, вовлеченных в заболевание – что называется «дифференциальной экспрессией».

Они полагали, что, если кто-то предсказал, какой ген будет идентифицирован во время поиска дифференциальной экспрессии, этот ген может быть связан с заболеванием, но только потому, что он связан почти с любым заболеванием.

Пара, вместе с Полом Павлидисом из Университета Британской Колумбии, провели вычислительный анализ 635 наборов данных на 27000 выборках. Они обнаружили, что есть такие гены, как имя «Дейв»: они настолько подвержены любой болезни, что их появление неудивительно. Раскрытие этого эффекта позволяет команде определить гены, которые, вероятно, являются уникальными для определенных условий.

Результаты, подробно изложенные в журнале PNAS «не должны вызывать удивления, но их количественное определение точно ценно», – говорит Гиллис. «Гений Мэгги в этой работе сводился к тому, чтобы говорить, что существуют биологические процессы, которые приводят к изменчивости».

Кроу указывает на гены, которые управляют воспалением, как пример этих биологических процессов. Эти гены удивительно активны у больных раком, но также и в других условиях, таких как болезнь Альцгеймера. Эта информация, включенная в список Джиллис и Кроу, предоставляет контекст для интерпретации этих генов.

«У нас есть один ранжированный список, и мы постарались сделать его чрезвычайно простым в использовании и расширении», добавляет Кроу.

Надежда состоит в том, что новые данные помогут исследователям в разработке более совершенных экспериментов, обнаружении новых мишеней для лекарств и разработке методов лечения широкого спектра заболеваний.

      

Source link