Исследователи из Karolinska Institutet в Швеции разработали новый дешевый метод, который может идентифицировать высоко гетерогенные опухоли, которые имеют тенденцию быть очень агрессивными, и, следовательно, требуют более агрессивного лечения. Техника представлена ​​в научном журнале Nature Communications .

Общей чертой раковых клеток является изменение количества копий, в которых каждая хромосома или ген присутствует в геноме, – явление, известное как изменение числа копий или CNAs. Внутри одной и той же опухоли клетки, принадлежащие к разным анатомическим частям опухоли, могут нести разные CNA. Опухоли со многими CNA, как правило, очень агрессивны и имеют тенденцию реформироваться чаще, даже после сурового лечения.

В настоящее время лаборатория Биенко-Крозетто при Каролинском институте и Лаборатория науки для жизни (SciLifeLab) в Швеции разработали новый геномный метод, названный CUTseq, который может оценивать количество и тип CNA во многих различных частях одной и той же опухоли. по гораздо более низкой цене, чем существующие технологии.

Я ожидаю, что CUTseq найдет много полезных применений в диагностике рака. Секвенирование опухолей по нескольким регионам будет все чаще использоваться в диагностических целях для выявления пациентов с высокогетерогенными опухолями, которые необходимо лечить более агрессивно. Я считаю, что наш метод может сыграть здесь ведущую роль ».

Никола Крозетто, старший научный сотрудник кафедры медицинской биохимии и биофизики Каролинского института, и один из старших авторов статьи

Этот метод работает с ДНК, извлеченной из множества биопсий и даже из очень маленьких частей срезов тонкой ткани – тип образца, на который патологи обычно полагаются для диагностики рака под микроскопом.

Путем пометки ДНК, выделенной из нескольких областей одного и того же образца опухоли, уникальными молекулярными штрих-кодами, можно получить исчерпывающую картину гетерогенности CNA в опухоли с помощью одного эксперимента по секвенированию.

Применение CUTseq не ограничивается только диагностикой рака, согласно исследователям нового метода.

«Например, CUTseq может быть использован в качестве платформы для аутентификации клеточных линий и для мониторинга стабильности генома в больших хранилищах клеточных линий и биобанках», – говорит Магда Биенко, старший научный сотрудник того же отдела и другой старший автор статьи. , «Он также может применяться в экологии в качестве альтернативы другим методам секвенирования генома с пониженной представленностью, таким как RAD-seq, для оценки биоразнообразия экономически эффективным способом».